Halcyon 6: Starbase Commander es una estrategia de gestión con elementos de juego de rol en un entorno de ciencia ficción. Tienes que tomar el mando de una antigua y poderosa base que estaba prácticamente abandonada. De repente, una enorme fuerza de extraterrestres decidió caer sobre el mundo humano y sólo tú puedes salvar el mundo. Al mismo tiempo, tendrás que explorar los mundos, recolectar recursos y ayudar a tu equipo a sobrevivir. Además de la mejora habitual de la base y la flota, los usuarios tendrán que pasar por muchas misiones de historia, gestión de tripulación maestra, exploración de sistemas estelares y planetas, así como batallas espaciales.