Star Command es un juego de simulación en el que los jugadores controlan una tripulación dentro de su nave espacial. La tripulación puede ampliarse mediante jugadores que recluten nuevos miembros para desempeñar diversas funciones especializadas, como científicos y seguridad, y también pueden ascender a rangos más altos. También se pueden actualizar varios sistemas del barco. Los miembros de la tripulación mueren permanentemente cuando son asesinados. Disparar con éxito el arma de un barco implica un minijuego basado en sincronizar correctamente los botones. Los jugadores comienzan el juego en dificultad Principiante con un tutorial opcional y, al finalizar, tienen niveles de dificultad adicionales de Normal, Difícil y luego Agujero Negro.