Pokémon Box: Ruby & Sapphire — Игроки могут сохранять до 1500 покемонов в двадцати пяти боксах ёмкостью по 60 покемонов каждый, и перемещать покемонов между играми Ruby, Sapphire, Emerald, FireRed и LeafGreen. Все покемоны сохраняются на карту памяти GameCube. Специальная версия карты, Ruby and Sapphire Memory Card 59, шла в комплекте с игрой. Также в комплекте с игрой поставлялся GameCube Game Boy Advance Cable — соединительный кабель, позволяющий переносить покемонов с GBA без необходимости в обмене.