X-COM: UFO Defense es una estrategia táctica por turnos con una vista de cámara isométrica en un entorno de ciencia ficción. El juego tiene lugar en 1999. Preocupados por los crecientes informes de avistamientos y abducciones de ovnis, los gobiernos de la Tierra establecen el servicio X-COM, que está diseñado para proteger a la humanidad de agresiones extraterrestres si tal amenaza resulta ser real. El jugador actúa como responsable de este servicio.