Galaxy on Fire 2 sigue las aventuras de Keith T. Maxwell cuando es enviado hacia adelante en el tiempo después de que su hiperimpulsor fallara debido al daño causado por una escaramuza en el cinturón de asteroides. Su nave, fuera de control con Keith inconsciente, es puesta en órbita alrededor de Var Khastra por la computadora de a bordo de la nave antes de ser rescatada por un comerciante de minerales y remolcada a una estación espacial en órbita. El comerciante, Gunant Brech, le cuenta a Keith sobre los hechos que sucedieron mientras Keith estaba inconsciente. Luego, Brech le encarga a Keith que recolecte mineral de un viejo barco minero.