Galactic Civilizations 2: Dark Avatar es un juego de estrategia con vista isométrica. El dominio del Imperio Drendjin está creciendo. La Alianza Terrestre se retiró a la Tierra, pero no se rindió. Todas las demás razas se rindieron inmediata o gradualmente al Imperio. Las victorias les resultan muy fáciles a los Drendjins. El clan de élite Korat, que entrena a luchadores de élite, les ayuda especialmente en esto. Los soldados son famosos por su valentía y crueldad.
Pero en los últimos años, el clan Korath ha dejado de tomar prisioneros. Para los Drendjin, esto es inaceptable, ya que su economía se basa en el trabajo esclavo de los cautivos. Además, el clan Korath llevó a cabo una excelente operación contra la Tierra en condiciones en las que era físicamente imposible ganar. Por lo tanto, el jugador es enviado a descubrir el secreto del clan Korath y continuar la conquista de la galaxia.