Fear Effect tiene lugar en Hong Kong en 2052. El juego comienza con una escena en un infierno chino, en la que cierta multitud de funerarios lleva el ataúd y los monumentos conmemorativos de una niña llamada Wee Ming. La propia Vi Ming camina junto a ellos, mientras realiza su monólogo mental. La niña se detiene inmediatamente y una misteriosa silueta masculina se acerca por detrás de ella con un cuchillo en la mano. Acercándose silenciosamente, una persona misteriosa agarra a una joven y le corta el cuello con un cuchillo, tras lo cual cae inconsciente.