Bionic Commando es la primera secuela real del clásico Bionic Commando de 1988. En el juego asumirás el papel de Nathan Spencer mejorado biónicamente. El tiempo no fue amable con el héroe: cinco años después de su heroica victoria sobre los imperiales, fue traicionado por el gobierno y encarcelado por crímenes que no cometió. Una vez liberado, tendrá que lidiar con los traidores y llegar al fondo de los verdaderos motivos de su encarcelamiento.