El juego tiene lugar después de la película Avatar original. El personaje principal es un Na'vi que fue secuestrado y criado por humanos. No conoce su mundo natal y fue criado en la cultura humana. Después del programa de entrenamiento del ejército, sabe cómo utilizar armas, vehículos y otras máquinas humanas.
Durante un tiempo, un destacamento de nativos adoctrinados defendió a la RDA, custodiando la propiedad de la Compañía mientras esta construía una red de bases en Pandora. Pero después de la batalla en las Montañas Hallelujah (el ataque a Eywa en el final de Avatar), el destacamento se disolvió y sus soldados, por una feliz coincidencia, no fueron asesinados como testigos innecesarios, sino que fueron sumergidos en un criosueño a largo plazo.
Poco después de que la gente regresara a Pandora, el protagonista y sus amigos salieron del criosueño. Criado en la hostilidad hacia su pueblo, tiene un largo viaje por delante, durante el cual se reunirá con su pueblo, aprenderá el camino de los Na'vi y recuperará la confianza de sus compañeros de tribu.
El objetivo principal es salvar el planeta de origen de los invasores militaristas de la RDA, que nuevamente dominan Pandora. Todo está controlado por John Mercer, el principal antagonista del juego y el sinvergüenza al que se le ocurrió la idea de robar bebés Na'vi.