La secuela narra el conflicto masivo entre las facciones Vargard Nefershah y Adeptus Mechanicus. El juego tiene dos campañas de historia para un jugador, donde los jugadores intentarán llevar a uno de los dos bandos a la victoria. Los jugadores podrán mejorar y mejorar a sus soldados, dándoles habilidades y equipos únicos para enfrentar eficazmente las amenazas del universo. El juego también ha ampliado las posibilidades de interactuar con el mundo exterior, ha añadido nuevas facciones y enemigos y ha mejorado elementos de estrategia y gestión de recursos.