Tom Clancy's Ghost Recon: Shadow Wars: el sistema de juego y la interfaz resultarán familiares para los jugadores de Advance Wars y Fire Emblem, pero con algunos cambios significativos. En particular, la altura y la cobertura desempeñan un papel táctico fundamental. El sistema de apoyo de fuego también hace que el sistema de combate sea único. Completar tareas en misiones le otorga al jugador puntos que pueden usarse para mejorar el rango de cada unidad. Las unidades tienen un árbol de desarrollo específico, y cada nuevo nivel presenta una combinación de bonificaciones de puntos de vida (HP), nuevas habilidades y equipos alternativos. Los jugadores eligen qué puntos gastar en cada Unidad.