La continuación de la historia del héroe novato Lloyd Bannings. Unos meses después de los eventos de The Legend of Heroes: Trails from Zero , el mundo disfrutó de una paz temporal. Sin embargo, pronto la paz fue perturbada por la aparición de varias organizaciones con motivos ocultos. El destino de la ciudad-estado de Crossbell vuelve a estar en manos del personaje y su variopinto equipo de aliados.