La nueva historia, basada en la trama del anime Sword Art Online War of Underworld, cuenta sobre nuevas pruebas difíciles que esperan a Kirito y sus nuevos amigos. Los jugadores intentarán descubrir quién se esconde detrás de la máscara del Caballero Oscuro y ayudar al héroe y a sus compañeros a sobrevivir en brutales batallas con las fuerzas del Territorio Oscuro.