Shonen Jump: Naruto - Ultimate Ninja 2 - Todos los personajes ahora pueden lanzar al aire, lo cual simplemente se hace igual (atrás + ataque a cierta distancia del enemigo), solo que ahora se hace en el aire.
Más personajes ahora tienen acceso a condiciones especiales después de sus habilidades/técnicas secretas asociadas, mientras que otros tienen una condición especial instantánea realizada simplemente realizando su habilidad secreta sin ningún golpe inicial y/o cinematografía (como Kabuto, Shizune y Taijutsu de Naruto). Todas las habilidades secretas se desactivan durante estos estados.