Naruto: Ultimate Ninja 3: hay aproximadamente 42 personajes en el juego. Cuenta con un nuevo modo historia, más maniobrabilidad para los personajes y una variedad de música mucho mayor. Ofrece un modo historia diferente al de su predecesor, Ultimate Ninja 2. Se llama Hero's Story. Reproduce cada pelea importante desde el comienzo de la serie (Naruto vs. Kakashi — entrenamiento) hasta el final de la primera parte (Naruto vs. Sasuke — batalla final). Si bien se salta muchos diálogos y escenas de transición (como los preliminares del examen Chuunin y la mayoría de las escenas a las que está acostumbrado UN 2), desaparecieron por completo.