Metroid 2: Return of Samus — это приключенческий экшен с боковой прокруткой, в котором игрок управляет главной героиней Самус Аран на вымышленной планете SR388. Игроки продвигаются по игре, используя оружие Самус, чтобы убить фиксированное количество (47) существ Метроидов. Игроку дается детектор, который показывает количество Метроидов, оставшихся в этом районе. Как только все существа уничтожены, происходит землетрясение и уровень лавы на планете падает, что позволяет Самус путешествовать глубже по ее туннелям. Существа-метроиды встречаются на разных стадиях эволюции своего цикла развития: оригинал, альфа, гамма, дзета и омега. Чем более развит организм, тем сильнее его атака.