Continuación del shooter de culto Metal Slug en un nuevo formato. Ahora el clásico juego de plataformas y acción se ha transformado en un roguelike táctico. Después de muchos años de vagar por el país oponiéndose al Gobierno Mundial, Donald Morden planeó pacientemente un golpe de estado y finalmente está listo para vengarse del mundo con el ejército que ha acumulado a lo largo de los años. Los Falcons deben hacer todo lo que esté a su alcance para atravesar las líneas enemigas y destruir a Morden, su archienemigo.