Last Ninja combina exploración mundial, resolución de acertijos y combate. El objetivo del juego es llevar al personaje principal, el ninja Armakuni, al palacio del malvado shogun Kunitoki para matarlo, vengar a su clan y obtener los pergaminos sagrados. A medida que el jugador progresa, sus enemigos se vuelven más hábiles y también aprenden el camino del ninja.