Gene Rain es un juego de acción y aventuras con vista en tercera persona en un entorno de ciencia ficción. La guerra que comenzó hace 15 años mató a 1,9 millones de personas y devastó el mundo hasta tal punto que los sobrevivientes sólo pueden vivir si sus corazones son reemplazados por corazones mecánicos. Pero una de las facciones, Eagle Eye, es hostil hacia la gente y se ha apoderado de la mayoría de los recursos. La niña, que cuenta todo esto en el contexto de tiroteos y imágenes de la guerra, pide restaurar el poder y recuperar a quienes capturaron Eagle Eye, a pesar de que son superiores en fuerza y número.