Command & Conquer: Tiberian Sun — как и в большинстве других игр серии Command & Conquer, игроку представляется возможность пройти две кампании за обе стороны конфликта. Окончания кампаний различны, но канонической считается кампания за ГСБ. Сюжет игры развивается вокруг инопланетного артефакта «Тацит», обладать которым хотят обе стороны. Кейн, считавшийся погибшим, возвращается — и у него есть план по превращению Земли в новый, лучший мир — мир тиберия, подчинённый его воле; ГСБ же всеми силами стремится не допустить этого. Попутно оба блока хотят склонить к союзу третью сторону — сообщество мутантов «Забытые». Мутанты, пострадавшие как от ГСБ (при всеобщей эвакуации населения на полюса, где заражение тиберием было не так сильно, их оставили на заражённой тиберием земле), так и от Нод, хотели бы сохранить нейтралитет, но в результате действий игрока помогают одной из сторон.