Bad Apple Wars es una novela de aventuras de estilo japonés. Los acontecimientos del juego contarán sobre una joven que acaba en una escuela extraña después de un atropello completamente trivial por un coche antes de la ceremonia de entrada. La escuela NEVAEH solo acepta las almas de malos estudiantes, y aquellos que puedan graduarse tendrán una segunda oportunidad de vivir.