Atlas Rogues es un roguelike por turnos con modo cooperativo. En él puedes formar tu propio equipo de autónomos para salvar la ciudad local de Atlas. En algún lugar hay un reactor cuyo núcleo se está derritiendo lentamente y pronto explotará. Estos son los planes de corporaciones insidiosas y debes descubrirlos y destruirlos.
Si no llegas en el tiempo asignado, habrá una explosión y tendrás que empezar de nuevo. Sin embargo, tu escuadrón siempre permanece contigo y, al subir de nivel, tarde o temprano podrás lograr el éxito. En el modo cooperativo, compartes el control del equipo y puedes asignar a cada jugador su propio luchador. Además, siempre tienes la oportunidad de contratar nuevos autónomos, de los cuales hay muchos en el juego, desde focas de batalla y cachorros robóticos hasta extraños peces.