Continuación de la serie Atelier Ryza de juegos de rol japoneses. Cerca de la ciudad natal del personaje principal Riza, de forma desconocida, aparecen las islas Karka. Al ver esto como una amenaza para su hogar, la niña y sus amigos exploran las islas y encuentran ruinas con una puerta allí. Al acercarse a la puerta, Riza escucha una voz que la llama para llegar al Código del Universo. Para salvar su hogar, la heroína y sus amigos emprenden una emocionante aventura a través de las coloridas islas de Karka.