Ace Combat Zero: The Belkan War: antes de cada misión, el jugador recibe una sesión informativa que incluye el estado actual de las cosas, los antecedentes y los objetivos de la operación, y selecciona uno de los aviones y armas disponibles para él. Para completar una misión, el jugador debe completar todos sus objetivos dentro de un período de tiempo determinado, y en algunas misiones hay una actualización de objetivos.
El juego presenta 36 modelos de vehículos que el jugador puede controlar, incluidos tres ficticios. A diferencia de entregas anteriores, The Belkan War presenta principalmente aviones más antiguos, como el F-15 Eagle, el F/A-18 Hornet y varios cazas de segunda y tercera generación.