Tom Clancy's Rainbow Six: Rogue Spear - bgra cuenta sobre el enfrentamiento entre la unidad antiterrorista "Rainbow" y Samed Vezirzade, uno de los "padrinos" de la mafia petrolera de Azerbaiyán. A través de una serie de ataques terroristas aparentemente no relacionados, Samed Vezirzad atrae la atención de los empleados de Rainbow, quienes logran descubrir su complot basado en el uso de armas nucleares.
Una investigación posterior revela que los acuerdos de plutonio son parte de un plan entre el señor del crimen ruso Maxim Kutkin y el traficante de armas azerbaiyano Samad Vezirzadeh. Estos dos hombres tienen la intención de utilizar plutonio comprado al ejército para crear armas nucleares del tamaño de una maleta utilizando instalaciones militares rusas abandonadas y luego distribuir estas armas a terroristas en el mercado negro.