Tom Clancy's Rainbow Six: Lone Wolf es una historia clásica basada en las obras de Tom Clancy, en la que el jugador lidera un escuadrón de fuerzas especiales de élite en la lucha contra terroristas internacionales. La trama del juego se basa en completar una serie de tareas para neutralizar a grupos terroristas armados y liquidar sus bases. En el proceso de completar tareas, el jugador descubrirá una conspiración que pone al mundo en riesgo. A diferencia de muchos otros juegos, si el jugador comete un error, la misión fracasará, como en el mundo real.