Tenchu Z - House of Goda, hogar del clan ninja Azuma al servicio de Lord Godda, está al borde de la guerra con el país vecino de Ogawara. Como nuevo recluta del clan ninja Azuma, el protagonista es enviado a matar a quienes ayudan al país Ogawara, incluidos generales del ejército y espías que se han infiltrado en la Casa Godda, así como a recuperar objetos robados y rescatar prisioneros. Mientras frustra los planes del país de Ogawara, el protagonista también recibe misiones en las que elimina a personas malvadas como monjes crueles y comerciantes codiciosos. No hay conexión entre la trama de Tenchu Z y los juegos anteriores, y no hay personajes que regresen, a excepción de Rikimaru y Lord Goda.