El juego cuenta la historia de Enigma Squad, un equipo de fuerzas especiales formado por los mejores científicos de todo el mundo. Unieron sus conocimientos para llevar a cabo misiones secretas en la lucha contra el Tercer Reich. Los héroes están tratando de frustrar los nefastos planes del ex miembro del escuadrón Hans Kammler, relacionados con una sustancia poderosa y misteriosa llamada Geiststoff.
El jugador se embarca en un emocionante viaje a través de diferentes continentes junto con aliados, entre ellos la química exiliada Rosa Reznik, el hombre oso Wojtek y el psicólogo esotérico Siegfried von Adelsberg. El conjunto único de habilidades de cada miembro del equipo te ayudará a deshacerte de los enemigos y, una vez que hayas dominado la habilidad de combinar estas habilidades para lograr un impacto destructivo, podrás contar con el éxito de la operación.