Prison Break: The Conspiracy — игра состоит из 9 частей, сюжет которых повторят сюжет эпизодов сериала. Несмотря на то, что игра основана на популярном сериале, играть за Майкла Скофилда не придётся. Главный герой игры, Том Пакстон — секретный агент, человек «Компании», который получает задание отправиться в тюрьму Фокс Ривер и узнать об истинных планах Майкла Скофилда.
Во время прохождения игроку предстоит общаться со многими заключёнными, подкупать охранников и часто принимать участие в драках. Во время драки есть возможность уклоняться от ударов, но использовать её крайне сложно из-за неудобного расположения камеры. Угол обзора не даёт возможности хорошо оценить расстояние между противниками.