El Capitán Olimar, el personaje principal de las partes anteriores, se estrelló en un planeta misterioso durante una de sus aventuras. Un equipo de rescate de Pickman fue tras él, pero él también realizó un aterrizaje de emergencia. Un joven recluta del escuadrón intenta salvar a Olimar y ayudarlo a regresar a casa. Los Pikmin son criaturas pequeñas, parecidas a plantas, a las que se les pueden dar órdenes. Los personajes de diferentes colores se especializan en diferentes acciones, por ejemplo, el rojo no le teme al fuego y el azul congela el ambiente.