Nelly Cootalot: The Fowl Fleet es una aventura de apuntar y hacer clic con una vista lateral. El espíritu del Capitán Bloodbeard regresa, mencionando que el personaje principal no entendió el mensaje secreto del último juego, en el que envió a Nellie a buscar el tesoro de los Siete Mares. También se entera de que el hermano del capitán, el Capitán Barba Ancha, iba a hipnotizar a miles de pájaros para que siguieran sus órdenes. Por lo tanto, Nellie tiene dos tareas a la vez, por lo que tiene que escapar de su barco natal y comenzar su aventura de inmediato.