Naruto: Ultimate Ninja 2: Al comienzo de una partida, los personajes ahora rebotan entre sí debido al efecto de colisión sin daño, a diferencia del juego anterior donde rebotan con daño. Todos los personajes ahora tienen remates combinados básicos en las cuatro direcciones (adelante, arriba, abajo y atrás), y uno de los cuatro para algunos personajes es un ataque de ruptura defensiva, excepto el combo unidireccional descendente. Mientras tanto, el jutsu que se realizaba como finalizador combinado ahora se realiza con un ataque upx2+.