Metal Gear Ac!d 2 — история начинается с человека, известного как Снейк, молодой женщины по имени Консуэла Альварес и 2 пилотов по имени Дэйв Коупленд и Родди Луис, которые нелегально летят в Соединенные Штаты, когда их арестовывает ФБР . После того, как Снейка поймали, его похититель, агент ФБР по имени Далтон, заставил Снейка выполнить задание. Снейк соглашается на работу, чтобы освободить своих друзей и очистить свое имя перед Далтоном. Первоначальная цель Снейка — проникнуть в исследовательский центр SaintLogic, производителя военного оружия, расположенный на изолированном острове в Северной Америке. Далтон расследует бесчеловечные действия SaintLogic по отношению к детям и использует способности Снейка, чтобы проникнуть в SaintLogic и раскрыть правду об их деловой практике.