Deponia Doomsday es una continuación de las aventuras de apuntar y hacer clic del inventor Rufus en el planeta de chatarra Deponia. Esta vez el personaje principal encuentra cerca una máquina en tiempo real. Junto con el científico McChronicle, Rufus pone en marcha la máquina y crea varias anomalías temporales extrañas y ahora tiene que salvar a Deponia nuevamente.