Castlevania Puzzle: Encore of the Night es principalmente un juego de rompecabezas de piezas sueltas, aunque incorpora elementos de rol. A lo largo del juego, al jugador se le presentan varias opciones de camino para explorar Castlevania y luchar contra enemigos en partidas de rompecabezas contra rompecabezas. Esto se tiene en cuenta en el sistema de inventario, donde el jugador puede equipar varios elementos como armas, armaduras y reliquias, que otorgan diversos impulsos y poderes, así como poderosos hechizos que puede usar en la batalla. Además, tiene un sistema de experiencia que permite al jugador subir de nivel mientras gana puntos, que luego puede distribuir entre varias estadísticas para personalizar su personaje.